古本部主要由原先归属成吉思汗幼子拖雷的左翼诸部与右翼诸部以及等同于独立藩镇的科尔沁部组成。
卫拉特蒙古又称瓦剌，最早为蒙古太师建立的汗国，在明初大元式微之际崛起，并在也先可汗时期达到鼎盛。不过也先被暗杀死后，瓦剌部分裂为杜尔伯特与准噶尔两部，一落千丈，其余部落也随之进入分裂割据的状态。察哈尔部趁势而起，黄金家族嫡系后裔巴图蒙克与瓦剌征伐数年后奠定胜局，并随后统一东部蒙古，自称“达延汗”，意通“大元汗”。
其时蒙古诸部因为攻伐族群混乱，达延汗便将统治的东部蒙古重新划分为左右翼各三部，左翼三部即察哈尔部、兀良哈部、喀尔喀部，右翼三部即土默特部、永谢布部、鄂尔多斯部，由几个儿子分别管领。吴三桂所说的“插部”、“秃马”分别是明朝对察哈尔与土默特两部的称呼。
达延汗死后，其一支孙辈俺答振兴土默特部，察哈尔部可汗、蒙古宗主大汗库腾汗十分畏惧，赠他索多汗之号，俺答遂成为右翼之主。随后与明朝交攻多年不休，后明朝封俺答为顺义王，并答允开放边境十一处互市，战事方息。而库腾汗被俺答驱逐，同时将左翼的察哈尔部彻底徙居至靠近辽东之地。此举与建文年间兀良哈部迁徙至明朝边界定居、