嘉靖年间鄂尔多斯部奉成吉思汗的“八白宫”举族迁徙到河套地区等事件交叠在一起，终于致使蒙古诸部格局大变，形成了漠南、漠西、漠北三大部分。
漠南蒙古便是东迁的察哈尔、土默特诸部加上原本就居住在蒙古东南地区的科尔沁等部，这些部落靠近明朝边境，被明朝专称为鞑靼或北虏。原来就掌控着蒙古西部及青海等地的瓦剌或称卫拉特蒙古则是漠西蒙古的主体，只不过瓦剌衰败后，其下的和硕特部兴起，成为新的汗国。留在蒙古北部未动的喀尔喀部等部则是漠北蒙古。在漠北蒙古之北，尚有布里亚特等部，不过它们与蒙古主体的联系已经淡了很多。
俺答汗之后，察哈尔部慢慢复兴。万历三十二年，林丹巴图尔继位大汗，称“林丹汗”。当时察哈尔部虽有汗名，但土默特、鄂尔多斯等部压根就不把林丹汗放在眼里，至于更远的喀尔喀部更是直接拒绝承认汗位。林丹汗志向远大，一面极力凝聚内部势力，先后得到了喀尔喀等部的顺从与重新朝觐，一面向外与敌对的卫拉特蒙古、女真诸部及大明等交战，风头一时无二，明廷甚至称“虎墩兔憨为虏中名王，尤称桀骜”——虎墩兔憨即明朝对林丹汗的称呼。
万历四十四年，建州女真大汗努尔哈赤统一了大部分女真部落建立