后金，并与科尔沁等部联姻成为同盟，势力日张。而后以“七大恨”举兵伐明，在萨尔浒之战中大败明军。明朝时任辽东经略杨镐与兵部尚书黄嘉善等人提出“制东夷在先款西虏”的策略，建议“以夷攻夷”，驱使林丹汗与努尔哈赤交攻，好坐收渔翁之利。经过一番讨价还价，林丹汗接受了明朝以重金结盟对抗后金的要求，双方后来互相征伐甚多。但直到努尔哈赤死去，并未分出胜负。
黄台吉继承努尔哈赤遗志，继续向大明、蒙古两个方向用兵，最后利用诸多手段分化离间蒙古诸部，使得林丹汗众叛亲离。与此同时，大明崇祯帝继位，对林丹汗“尽革其赏”。林丹汗为了报复，在崇祯元年举兵攻入大同府，杀军民数万人而去，因此与大明交恶。黄台吉抓住机会，趁林丹汗孤立无援之际发动决战，林丹汗惊恐万分，率众西奔，途中染天花死于青海。后金席卷漠南蒙古，封赏结亲、设旗征兵，将之纳入了己方的势力范围。
漠南蒙古既灭，漠西卫拉特蒙古的盟主、和硕特汗国的固始汗相当震骇。当其时，其国正面临着北方漠北喀尔喀蒙古诸部及更远罗刹国等敌对势力的压迫，为避免多面受敌，遂在大明崇祯九年、后金天聪十年遣使至沈阳，表示愿意归顺后金。同年，喀尔喀蒙古主要领袖土谢图