“鼠疫”，又称“疙瘩病”。灾人祸不绝，流民迫于生计徙转不定，传染性极强的鼠疫也随着人口流动从山西广泛传播到了河南、北直隶、陕西等临近诸省，至崇祯十四年尚未断绝，反而有愈演愈烈的趋势。每年的四月到六月，乃是鼠疫爆发的高峰期，一人患病瞬间便阖门感染，患者先是在躯干肢结出生出瘤，继而“饮食不进，目眩作热”，伴随呕出“如西瓜败肉“的溃疡腐皮烂肉，最后在极短时间内便气绝身亡，“虽亲友不敢问吊，有阖门死绝无人收葬者”，药剂不治，十患九死。鼠疫传到人口密集的北京，比屋传染，排门逐户无一保全，商贩军民俱难逃其祸，乃至曾遍布北京街头巷尾的叫花子也一时绝踪，繁荣的北京城“人鬼掺处，薄暮人屏不斜，犹如鬼城。
东南来的大夫吴有性三年前随赵当世抵达范河城定居，并加入赵营医药坊，走访湖广、河南等地调查研究鼠疫，成效斐然。他否认了一般大夫认定鼠疫来自人体内固有寒气的法，指出了鼠疫是由外界侵犯人体的“疬气”所致，故而首先倡议接近病患者需要先用布缠住口鼻，预防疬气入体。此外，又通过试验，调配出用白芍、黄苓、甘草七味药互以比例制成的“达原饮”将邪气从内逼到外，后来更此基础上配出“三消饮”，把邪气从外用发汗的方