南京城军务名义上的负责人有三，一为南京兵部尚书史可法，二为南京守备忻城伯赵之龙，三为南京镇守太监韩赞周。除了史可法，赵之龙与韩赞周都是北京城破前夕受崇祯帝委派临时赶赴南京提前布置军事的北京旧人。
如今北京早就失陷，崇祯帝也驾鹤西去，南京城的实权不可能让给赵、韩，所以当前拱卫南京城及周边的兵马主要有两支，一支提督南京大校场刘肇基统辖的南京大校场营、南京校场营、南京神机营共一万五千人；一支领南京右府提督操江兼巡江防刘孔炤统辖的新江口营、池河营、振武营共近两万人。
刘肇基本为辽东系将领，在中原、辽东等处作战十余年，资历甚老，洪承畴总督辽东时被罢黜，转至南京任职。史可法奉命勤王，出动的兵力就是刘肇基这支军队。不过刘肇基当前正带兵驻扎南京对岸的浦口，一来就近防御江北，二来伺机向北支援凤阳、淮扬等处，所以他暂时动不了。
刘孔炤为勋臣诚意伯刘基之后，崇祯十一年就走通了时任首辅温体仁的路子来到南京，算得上南京旧臣。此人生性凉薄残酷，其父本为庶出，只因年长方得以继承爵位。他既袭爵，怕叔叔旧账新算，先下手为强把叔叔以及祖母胡氏全都杀了以绝后患，家丑外传，人多畏鄙