兵部的指示，解除了临战状态，以为南京即将遭受战火的惶惶人心逐渐安定，而后弘光朝廷对南京官员进行了大刀阔斧的任免。
首先毫无疑问，在南京对局势有着定海神针作用的钱谦益入阁，充首辅，任吏部尚书，进文渊阁。接下来，姜曰广入阁，任礼部尚书、东阁大学士。高弘图入阁，任户部尚书，东阁大学士。这三人皆为东林党人，本来在南京地位声望亦高。
除此之外，诏凤阳总督马士英入南京，以都察院右副都御史身份为东阁大学士，入阁。此举是赵当世刻意为之，用以剥夺马士英在地方上的兵权。马士英本来在凤阳主要督刘良佐、牟文绶等军，但刘良佐不太听他的，实际上职权也有限。且刘良佐自打与左梦庚、方国安见面回到江北后，立刻写信给马士英假称接到了桂王，诱使马士英来军中并将他扣住了，所以马士英深陷泥沼，为了脱身，亦不得不来南京。
阁臣还有两人。一人王应熊，以左副都御史、东阁大学士身份入阁；一人丁魁楚，以兵部右侍郎、东阁大学士身份入阁。
王应熊博学多才又性格强横，颇受人敬畏。其人早在崇祯六年就因与周延儒、温体仁结党入阁，直到崇祯八年都在温体仁领导下的内阁做事，温体仁倒台后被连累回家赋希崇祯十