得以度过饥荒。大和七年，王起升任兵部尚书，次年，出任襄州刺史、山南东道节度使(治今湖北襄樊)。王起上任后，派李业巡查各郡，主持修复各地倒塌的堤坝，又颁布《水法》，令当地人民遵守。不到一年，这里又恢复了昔日鱼米之乡的繁荣景象，水患灾害也得到有效的控制。
大和九年冬，李训、郑注等发动的旨在消灭宦官的“甘露之变”失败，宦官肆虐，滥杀无辜。王起被罢夺判度支之职，降任太子侍读。由于唐文宗耽湎于文学，嗜好古文，王起以知识渊博入翰林院，讲经论史，历任太常卿，礼仪使、太子少师等职。唐文宗去世，王起充任山陵卤簿使，宦官枢密使刘弘逸、薜季稜阴谋发兵废黜刚即位的唐武宗。王起得知这一紧急情况，密奏唐武宗，诛灭了这些罪大恶极的宦官。王起因功起任为东部留守，封魏国公。
会昌元年，王起调任吏部尚书，三年，知礼部贡举，四年拜右仆射，复知贡举。王起曾先后四次主管科举考试，所举皆当代辞艺之士，有名于时。时人评价他举士精鉴徇公。同年秋，王起调任兴元尹、山南西道节度使（治今陕西汉中)、同中书门下平章事，为使相。赴镇上任之日，唐武宗特在延英殿为他饯行，说，“宰相无内外。公，国耆老，朕有阙，当以闻”。大中元年