仓库治理和税收整顿相比更加重要，不仅是关系到国库的充盈，而且还关系到粮食的保障，俗话说手中有粮，心中不慌，朱由校专门将陈所闻叫来，要求他带人制定仓库管理法规，在入库出库，定时检查，临时抽查，防火，防霉，防盗各方面都制定详细的规则。并让魏忠贤在每个仓库都设置两名锦衣卫监督，一年一换。
而经济调查局则设立了仓库巡视组，可随时进行抽查，只要发现账目和实物不符，则整个仓库所有吏员一起降级降俸，而出事的人则会移交法院审理判刑。
朱由校认为，只要制度设计合理，有监督机构，这仓库的管理是不会出大问题的。当然，对于如何防火防盗防霉，那自然要交给研究院的学生去研究了。
朱由校需要修养生息，他准备用十年时间消化已经取得的济州、新州、大农岛、奴尔干和吕宋及越南等地，先稳定这些地方，大力推行汉化教育，增强各地对中华文化的向心力。同时要通过这些地方向国内输送粮食，保证国内粮食供应。
而孙承宗在宣府镇，和蒙古人关系搞得极好。孙承宗面色严肃，却颇得蒙古人信任。因为蒙古人觉得他是个信人，说什么就是什么，从来不会有欺瞒的行为。与蒙古人的互市活动开展得很是顺利。